CLB Phù đổng được thành lập ngày 4/10/2015 theo mô hình bóng đá cộng đồng của Nhật Bản. Với phương châm xây dựng nền bóng đá từ “móng”, CLB là sở hữu chung của cộng đồng chứ không phải riêng một ông chủ hay một nhà bảo trợ, tài trợ. Mỗi hội viên, người hâm mộ chính là thành viên của đội bóng.
Từ một CLB non trẻ, phải đương đầu với những thách thức của bóng đá chuyên nghiệp, bằng nỗ lực không ngừng, sự quyết tâm, đồng lòng của ban lãnh đạo Công ty và tập thể đội bóng, Phù Đổng FC đã vượt qua những thời khắc khó khăn nhất. Kiên trì với mô hình bóng đá cộng đồng được áp dụng từ Nhật Bản, Phù Đổng, CLB duy nhất ở Việt Nam đi theo con đường mới, luôn tin tưởng tuyệt đối vào tương lai tốt đẹp mà mình đã chọn, bắt đầu từ sân chơi hạng Ba.
Hình ảnh ra mắt CLB Bóng đá Phù Đổng và áo thi đấu mùa giải 2015
Khởi đầu từ sân chơi thấp nhất trong hệ thống thi đấu của LĐBĐ Việt Nam, Phù Đổng FC đã tham gia giải bóng đá hạng Ba quốc gia mùa giải 2015. Mặc dù mùa giải đầu tiên chưa gặt hái được thành công, nhưng khó khăn không lay chuyển được ý chí của CLB.
Phù Đổng bước vào mùa giải 2016 với quyết tâm cao độ và lập tức gặt gái được kết quả như mong đợi. CLB đã Vô địch giải hạng Ba và thăng hạng hạng Nhì mùa giải 2017.
Thành quả này có được nhờ sự chung tay góp sức của các công ty, tổ chức, cá nhân hỗ trợ về tài chính, động viên sát cánh cùng CLB.
Năm thứ 2 liên tiếp, Mitsubishi Motor Việt Nam là nhà bảo trợ chính cho CLB bóng đá Phù Đổng. Không đơn thuần là quảng bá thương hiệu, Mitsubishi Motor Việt Nam mong muốn góp phần hỗ trợ ươm mầm cho tài năng thể thao của Việt Nam cũng như thắt chặt mối quan hệ hợp tác Việt Nam - Nhật Bản.
Ngày 15/7/2018, trên SVĐ Phú Yên, trận chung kết Giải Bóng Đá Hạng Nhì Quốc Gia diễn ra giữa Bà Rịa Vũng Tàu và Phù Đổng FC
90’ thi đấu chính thức kết thúc với tỷ số hoà không bàn thắng, Cả hai đội đã phải bước vào loạt đá luân lưu 11m để phân định thắng thua.
Kết quả, Phù Đổng FC đã giành thắng lợi với ty số 3-2, chính thức giành tấm vé thăng hạng Nhất mùa giải 2019.
Chiến thắng này mở ra một trang mới cho Phù Đổng FC, khẳng định hướng đi đúng đắn mà lãnh đạo CLB đã chọn và kiên trì theo đuổi. Mục tiêu trong mùa giải hạng Nhất đầu tiên của Phù Đổng FC không hề thay đổi: Thi đấu hết mình vì màu cơ sắc áo, không phụ lòng tin tưởng của các CĐV và các “mạnh thường quân”.
Bước ngoặt đầu tiên của CLB Phù Đổng trong mùa giải hạng Nhất Quốc gia 2019 chính là việc chọn sân nhà là SVĐ Quốc gia Mỹ Đình, nơi các ĐTQG thi đấu, địa điểm tổ chức các sự kiên thể thao lớn nhất từ trước tới nay. Đây là niềm tự hào với tập thể đội bóng, đồng thời cũng là điều kiện tốt nhất mà ban lãnh đạo CLB quyết tâm mang lại cho các CĐV yêu mến.
Với sức chứa lên tới 40.000 người, điều kiện cơ sở vật chất phục vụ thi đấu thuộc vào loại tốt nhất Việt Nam, lãnh đạo Phù Đồng FC kỳ vọng sân Mỹ Đình sẽ là điểm hẹn cuối tuần của các CĐV Thủ đô, những người yên mến CLB bóng đá Phù Đổng.